O vale do rio Lima no concelho de Viana do Castelo corresponde essencialmente a zona de estuário. Apresenta margens largas e planas, numa paisagem marcadamente agrícola, com a ocorrência pontual de galerias ripícolas e bosquetes. Na zona mais baixa do estuário, o rio alarga e surgem no leito ínsuas, principalmente no estuário médio, decorrentes da deposição de sedimentos pelo contacto com a cunha salina de origem marinha. Apesar da ocupação humana em toda a sua extensão, a zona mais a montante do estuário apresenta um significativo grau de conservação.

Decorrente da ocupação humana, o estuário do rio Lima tem sido severamente modificado por ação antrópica, nomeadamente no que diz respeito à consolidação artificial de margens.

Assim, a zona correspondente ao estuário baixo, outrora ocupada por areais de origem marinha e lodos finos, está atualmente ocupada pelas instalações do porto comercial. Apesar destas alterações, ocorrem no estuário espaços onde a vegetação típica de estuário médio e alto está bem representada, existindo um conjunto de zonas húmidas estuarinas muito interessantes ao nível ecológico, como a Veiga de S. Simão, as lagoas de Vila Franca, o sapal da Meadela e o atual Parque Ecológico Urbano de Viana do Castelo (PEUVC) que, embora não esteja dentro dos limites da Zona Especial de Conservação (ZEC), representa um biótopo importante em termos ecológicos.

A Zona Especial de Conservação do Rio Lima estende-se ao longo de 5382 hectares, sendo que 1891 hectares (cerca de 35%) estão dentro do limite do concelho de Viana do Castelo.

Nesta ZEC, ocorrem 13 biótopos do Anexo I da Directiva Habitats, sendo 2 deles considerados prioritários. O habitat prioritário formado por bosques de carvalho-alvarinho (Quercus robur) tem pouca expressão, tendo sido quase todo substituído por plantações florestais de eucalipto (Eucalyptus globulus) e pinheiro-bravo (Pinus pinaster).