A primeira referência conhecida a esta igreja encontra-se num documento de 1164, no qual se refere que D. João Peculiar cedera a Pedro Gonçalves o "prestimonium quod est inter Limian et Neviam excepta ecclesia de Capareiros cum sou cauto et Deian".

Há notícia referente à paróquia de "Daiam" nas Inquirições de 1220, de D. Afonso II. Nesta data, era abade da igreja Martinho Fernandes.

Nas Inquirições de 1258 era seu capelão João Fernandes e, em 1370 foi confirmado abade de Deão Aparício Rodrigues, sendo a sua apresentação do rei D. Fernando. Deão era do padroado real, competindo a confirmação da apresentação ao arcebispo de Braga.

No catálogo das igrejas, a que se procedeu em 1320, São Pedro de Deão foi taxada em 80 libras.

Em 1472, foi anexada a Santa Leocádia de Geraz do Lima.

No registo da cobrança das "colheitas"dos benefícios eclesiasticos do arcebispado de Braga, na parte respeitante às Terras de Neiva, efectuado por D. Jorge da Costa, entre os anos de 1489 e 1493, a igreja de "Daiam" rendia 15 libras, sendo, em dinheiro com "morturas", 1140 réis, e 47 réis e 8 pretos, em dízimas de searas.

O Livro dos Benefícios e Comendas, de 1528, de que existe uma cópia do século XVIII na Biblioteca Nacional de Lisboa, Deão, da Terra de Aguiar de Neiva, apresentava um rendimento de 20.000 réis.

Américo Costa descreve-a como abadia da apresentação do padroado real, no antigo concelho de Geraz do Lima.

Efectivamente, no foro administrativo, pertenceu, em 1839, à comarca de Ponte de Lima e concelho de Geraz do Lima. Em 1852, fazia parte da comarca e concelho de Viana e, em 1878, do julgado de Darque.

Pertence à Diocese de Viana do Castelo desde 3 de Novembro de 1977.